Безжалостные инопланетные захватчики, одержимые жаждой поработить все населённые планеты в галактике, высаживаются на Землю. Во время штурма одного из земных городов, последнего оплота свободы землян, только двум отважным морякам-подводникам удаётся убежать на своём маленьком батискафе. Спасаясь от преследователей они попадают в передрягу, из которой их случайно спасает София, дочь капитана Нэмо, хозяина огромной атомной субмарины "Наутилус", единственной, способной противостоять технологиям инопланетян.

Спасти мир, найти любовь, разобраться в хитросплетениях непростой истории капитана, дочери и подводного корабля, а также найти легендарную Атлантиду — через всё это предстоит пройти отважным морякам-подводникам.