Действия происходят в эпоху Мэйдзи, "Разящий меч нового Синсэнгуми" рассказывает историю Кондо Юуко, Хиджикаты Тошие и Окиты Каору (имена спародированы с настоящих исторических личностей). Эти три девушки - дочери бывшего члена Шинсенгуми и также, как и их отец, призваны защищать Японию от всевозможных проблем. Большая часть их работы связана с победами над таинственными сверхъестественными явлениями, возникающими где-либо, а чаще всего в районе Киото. Но они также защищают город от любых других опасностей, которые могут возникнуть.