В 2009 году н.э. человечество оказалось втянуто в трехсторонний военный конфликт с расой гигантских пришельцев-гуманоидов Зентради. Генетически эта раса представляет из себя единое целое, однако, женские особи называют себя Мелтранди и сражаются независимо за собственное военное превосходство. Потерпев поражение в первой битве против инопланетян, гиперпространственная крепость Макросс была отброшена на край солнечной системы и теперь держит путь назад к Земле. Во время короткого столкновения с силами Зентради, молодой пилот Хикару Ичидзе спасает поп-диву Линн Минмэй. По стечению обстоятельств, они проводят неделю вместе, запертые в отсеке корабля, и в конечном итоге влюбляются друг в друга. По возвращении в Макросс Сити Хикару за самодеятельность на поле боя получает выговор от офицера Мисы Хаясе, однако, за спасение известной певицы на этот раз он освобожден от наказания. Случайно обнаруживается, что голос Минмэй способен воздействовать на вражескую армию и может помочь отражать атаки пришельцев. Вскоре Зентради похищают Минмэй, и Хикару вместе с Мисой Хаясе и своим другом Роем Фолкером пытаются в очередной раз спасти ее. Однако им это не удается, и в итоге Миса и Хикару оказываются на Земле, где наблюдают трагическую картину своей разрушенной цивилизации. Ошибочно полагая, что они, вероятно, последняя пара землян, оставшихся в живых, Миса и Хикару влюбляются друг в друга. Так на фоне войны между враждующими цивилизациями возникает любовный треугольник. И всем троим нужно как можно быстрее определиться со своими чувствами, ибо теперь судьбу их мира может решить лишь голос Линн Минмэй и простая мелодия, написанная много лет назад.